Il nucleo principale della collezione è formato da statue e frammenti di decorazione architettonica arcaica, profanati dai persiani nel 481 a.C. (colmata persiana), cui si aggiungono sculture del periodo classico. Il museo è situato ai piedi della collina dell'Acropoli, sul suo lato di sud-est nel distretto di Makrighianni ad Atene.

 

Il museo attuale origina dal primo museo realizzato nell'Acropoli nel 1863, trent'anni dopo l'abbandono di Atene dell'ultima guarnigione Turca. Tuttavia, successivi scavi sull'Acropoli hanno portato alla luce nuovi manufatti che hanno superato significativamente la sua capacità originale. Un'ulteriore motivazione per la costruzione di un nuovo museo si ebbe quando la Grecia avanzò richieste per la restituzione dei marmi del Partenone dal Regno Unito, che aveva acquisito in modo controverso, ma gli fu risposto, da alcuni funzionari britannici, che la Grecia non aveva un luogo adatto dove potevano essere visualizzati. La creazione di una galleria per l'esposizione dei marmi del Partenone è stata la chiave di tutte le recenti proposte per la progettazione di un nuovo museo.

 

Il primo concorso di architettura per la progettazione di un nuovo museo si è svolto nel 1976 ed era riservato a partecipanti provenienti dalla sola Grecia. Sia il concorso del 1976 che quello che del 1979 non portarono ad alcun risultato, principalmente perché gli appezzamenti di terreno selezionati per le costruzioni proposte furono ritenuti non idonei.

 

Nel 1989 fu bandito un terzo concorso internazionale per la progettazione del nuovo Museo dell'Acropoli. È stata fornita una scelta di tre possibili siti. Il concorso è stato vinto dagli architetti italiani Manfredi Nicoletti e Lucio Passarelli. Dopo i ritardi per tutti gli anni '90, i lavori per la costruzione del museo sulla base di questo terzo progetto sono passati alla fase degli scavi per le fondamenta, ma questi sono stati interrotti a causa di resti archeologici apparentemente sensibili sul sito, portando all'annullamento del concorso nel 1999 . Per l'ubicazione del nuovo museo fu scelto infine il grande lotto inutilizzato della caserma della gendarmeria "Campo Makrygiannis", di fronte al Teatro di Dioniso, e sono stati necessari anche un numero limitato di espropri di case private circostanti per liberare lo spazio necessario.

Il quarto concorso non aveva previsto la conservazione dell'antico sito. Questo è stato raggiunto in una certa misura solo dopo che gli attivisti locali e internazionali (ICOMOS) hanno esposto questa svista. I nuovi piani furono adattati in modo che l'edificio fosse elevato fuori terra, su pilastri. Il concorso era aperto solo agli studi di architettura su invito ed è stato vinto dall'architetto svizzero, Bernard Tschumi, in collaborazione con l'architetto greco Michalis Fotiadis. Stabilita la planimetria e la stratigrafia, sono state individuate le sedi idonee per i pilastri di fondazione. Questi attraversano il terreno fino al substrato roccioso sottostante e galleggiano su cuscinetti a rulli in grado di resistere a un terremoto di magnitudo 10 della scala Richter.

 

Man mano che i lavori di costruzione si avvicinavano al completamento, l'operazione per spostare i manufatti dalla roccia dell'Acropoli al nuovo museo è iniziata nell'ottobre 2007, ed ha richiesto quattro mesi e l'uso di tre gru a torre per spostare le sculture senza incidenti. I funzionari greci hanno espresso la speranza che il nuovo museo possa aiutare nella campagna per il ritorno dei marmi del Partenone.

Il museo si trova sul versante sud-orientale della collina dell'Acropoli, sull'antica strada che in epoca classica portava alla "roccia sacra", lontano dal Partenone 280 metri. L'ingresso dell'edificio è in via Dionysiou Areopagitou e direttamente adiacente alla stazione della metropolitana Akropoli, la linea rossa della metropolitana di Atene.

Il progetto di Bernard Tschumi è stato selezionato come progetto vincitore del quarto concorso. Il design di Tschumi ruota attorno a tre concetti: luce, movimento ed un elemento tettonico e programmatico. Insieme queste caratteristiche "trasformano i vincoli del sito in un'opportunità architettonica, offrendo un museo semplice e preciso" con la chiarezza matematica e concettuale degli antichi edifici greci.

 

Il museo occupa una superficie di 25000 m² sviluppando un'area espositiva di 14000 m². Le collezioni del museo sono esposte su tre livelli mentre un quarto livello intermedio ospita gli spazi ausiliari, come il negozio del museo, la caffetteria e gli uffici. Al primo livello del museo si trovano i reperti delle pendici dell'Acropoli. La lunga e rettangolare aula, il cui pavimento è inclinato, ricorda l'ascensione alla roccia. Il visitatore si trova poi presso la grande aula trapezoidale che accoglie i reperti arcaici. Sullo stesso piano si trovano anche i manufatti e le sculture provenienti dagli altri edifici dell'Acropoli come l'Eretteo, il Tempio di Atena Nike, i Propilei e reperti di Atene romana e paleocristiana. I visitatori sono tenuti a vedere questi ultimi durante la discesa per mantenere l'ordine cronologico: saranno prima indirizzati al livello superiore, che mostra i marmi del Partenone.

 

Poiché il museo è costruito su un vasto sito archeologico, il pavimento, all'esterno e all'interno, è spesso trasparente utilizzando il vetro e quindi il visitatore può vedere gli scavi sottostanti. Il museo prevede anche un anfiteatro, un teatro virtuale e una sala per mostre temporanee. L'edificio, è inoltre stato criticato principalmente chiedendosi se un grande edificio moderno si sarebbe adattato bene al paesaggio.